Amikor Hernán Cortez és kísérői először keltek át a Mexikói-öblön, 1519-ben, arra számítottak, hogy a végre megtalált szárazföldön ugyanolyan primitív bennszülöttekkel találkoznak, mint a Karib-tenger szigetein. Amit aztán a virágkorát élő azték birodalomban találtak, az minden várakozásukat felülmúlta, s mindez az akkori közép- és dél-amerikai civilizáció orvostudományára is vonatkozott. A konkvisztádorok hódításaik során sokszor részesítették előnyben a helyi orvosokat európai társaikkal szemben, és az azték, majd az inka medicina korabeli presztízsét mutatja, hogy később II. Fülöp spanyol király egyik saját orvosát, Francisco Hernandezt elküldte egy mexikói tanulmányútra is, hogy elsajátíthassa a bennszülöttek módszereit, illetve katalogizálja a gyógynövényeiket.
A legnagyobb benyomást a hódítókra a harctéri sebesülések gyógyításának módszerei tették, ebben ugyanis az aztékok nagymestereknek bizonyultak. Kétségtelen, hogy ez jórészt eleve harcos életmódjukból fakadt. A sebeket megtisztították, és vagy növényekből szrámazó(lényegében csípős) kivonatokkal, vagy tengeri madarak tojásaiból készített gyógyanyagokkal húzták össze, majd madártollból vagy állatbőrből készült kötéssel fedték le. Az erős vérzést úgy csillapították, hogy szétrágott növényi pépet tettek a sebre. A mai Peru területén élt inkák az erős fejvérzést turbánszerű nyomókötéssel állították el: addig tekerték körbe a gézszerű textíliát, míg az elegendő ellenerőt nem fejtett ki. A leletek alapján egyértelmű, hogy igen elterjedt volt a koponyalékelés szokása. Nagyon sokféle módon kilyukasztott koponyát találtak az ásatások során, s a szakemberek a mai napig csak találgatják, ezek az eljárások miféle célt szolgálhattak.
A sebészek az orvosok külön kasztját alkották, és elkülönültek a gyógyhatású szerekkel, varázslással és imával dolgozó egyéb orvosoktól, akiknek gyógyszereiről legközelebb írok majd.
